Las personas que no estén familiarizadas con el Pastor Belga malinois a menudo lo confunden con el perro Pastor Alemán, pero existen diferencias marcadas especialmente en la estructura del cuerpo y el temperamento. Cada raza tiene sus características propias, los Malinois son grandes perros con huesos ligeros. En su correcta posición afirman su peso sobre los dedos de sus pies, lo que les da un perfil de cuerpo cuadrado, mientras que pastor Alemán tiene una posición larga e inclinada hacia atrás y lleva su peso sobre sus pies delanteros lo que les da un perfil de cuerpo triangulado.
Pastor Alemán
Los Pastores Belga Malinois son color leonado quemado, marrón o rojizo quemado, y las puntas de su pelo son de color negro, mientras que Pastor Alemán es generalmente marrón claro. Además, el Malinois tiene orejas triangulares elevadas más pequeñas.
Se cree que el Pastor Belga Malinois es más alerta y más rápido en reaccionar que el Pastor Alemán. También son perros más sensibles que no responden bien a duros y rígidos métodos de educación y entrenamiento.
Algunos Pastor Belga Malinois son amables y asertivos con desconocidos, pero otros permanecen reservados y distantes pero muy alerta. Un Belga Malinois nunca debería tener un temperamento agresivo o temeroso. Por ser un perro vigilante y por su sentido de propiedad que lo hacen estar siempre alerta y consciente de sus alrededores, los ejemplares de esta raza son excelentes perros guardianes y protectores, permanece muy alerta con los extraños aunque no deben siempre mostrarse agresivo con extraños. Para evitar reacciones indeseadas y que mantenga un comportamiento equilibrado estos perros deben ser correctamente socializados.